La Junta de Fiscales Superiores de las Comunidades Autónomas es también un órgano del Ministerio Fiscal.

Una de las principales novedades de la reforma del Estatuto del Ministerio Fiscal operada por la Ley 24/ 2007, de 9 de octubre, ha sido acomodar la organización territorial del Ministerio Fiscal al Estado de las Autonomías mediante la creación del Fiscal Superior de la Comunidad Autónoma . El Fiscal Superior  asume la representación institucional en el ámbito de la Comunidad Autonóma y se hace cargo de la dirección efectiva del Ministerio Fiscal en dicho territorio.

El Fiscal General del Estado preside la Junta de Fiscales Superiores de las Comunidades Autónomas que está integrada por el Teniente Fiscal del Tribunal Supremo, por los Fiscales Superiores y por el Fiscal Jefe de la Secretaría Técnica, quien actúa como Secretario.

Su función es asegurar la unidad y coordinación de la actuación y funcionamiento de las Fiscalías en todo el territorio del Estado.