Está dirigida por la Fiscal Superior quien también asume la representación y jefatura del Ministerio Fiscal en todo el territorio de la Comunidad Autónoma, sin perjuicio de las atribuciones del Fiscal General del Estado.

También preside la Junta de Fiscales Jefes de la Comunidad y ejerce en su territorio las funciones previstas en los artículos 11, 21, 25 y 26 del Estatuto, las que delegue el Fiscal General del Estado y las que le correspondan en materia disciplinaria.

Como en todas las Comunidades Autónomas uniprovinciales, exceptuando Madrid, la Fiscalía de la Comunidad asume también las funciones de la Fiscalía Provincial. Es decir, ejerce las funciones del Ministerio Fiscal en todos los órganos judiciales de la provincia, Audiencia Provincial y órganos unipersonales.

La distribución territorial de los partidos judiciales que son atendidos por la Fiscalía es la siguiente:

• Fiscalía de la Comunidad: Aoiz, Estella y Pamplona.
• Sección Territorial de Tudela: Tafalla y Tudela.