La Fiscalía de la Comunidad Autónoma radica en Santander y tiene dos Secciones Territoriales, una en Laredo y otra en Torrelavega.

Ejerce sus funciones ante el Tribunal Superior de Justicia de la Comunidad. Está dirigida por el Fiscal Superior quien también asume la representación y jefatura del Ministerio Fiscal en todo el territorio de la Comunidad Autónoma, sin perjuicio de las atribuciones del Fiscal General del Estado.

También preside la Junta de Fiscales Jefes de la Comunidad y ejerce en su territorio las funciones previstas en los artículos 11, 21, 25 y 26 del Estatuto, las que delegue el Fiscal General del Estado y las que le correspondan en materia disciplinaria.