Con el fin de adaptar su organización a las circunstancias y necesidades de su territorio, existen unidades diferenciadas de la Fiscalía Provincial pero bajo su dependencia.

La distribución territorial de los partidos judiciales que son atendidos por la Fiscalía es la siguiente:

• Fiscalía Provincial que abarca los partidos judiciales de Catarroja, Lliria, Massamagrell, Moncada, Mislata, Picassent, Paterna, Quart de Poblet, Requena, Sueca, Sagunto, Torrent y Valencia.
• Fiscalía de Área de Alzira que abarca los partidos judiciales de Alzira, Ontinyent, Xátiva y Carlet. Fiscal jefe: Isabel Company Malonda
• Sección Territorial de Gandía que abarca el partido judicial de Gandía.