Con el fin de adaptar su organización a las circunstancias y necesidades de su territorio, existen unidades diferenciadas de la Fiscalía Provincial pero bajo su dependencia.

La distribución territorial de los partidos judiciales que son atendidos por la Fiscalía es la siguiente:

• Fiscalía Provincial que abarca los partidos judiciales de Badajoz y Olivenza.
• Fiscalía de Área de Mérida que abarca los partidos judiciales de Almendralejo, Mérida, Montijo y Villafranca de los Barros. Fiscal jefe: Francisco Ortega Silva.
• Sección Territorial de Villanueva de la Serena que abarca los partidos judiciales de Castuera, Don Benito, Herrera del Duque y Villanueva de la Serena.
• Sección Territorial de Zafra que abarca los partidos judiciales de Fregenal de la Sierra, Jerez de los Caballeros, Llerena y Zafra.